Zgodba se odvija od 16. decembra do 24., mesec po kulturnem festivalu. SOS brigada, ki jo vodi Suzumiya Haruhi, pripravlja božično zabavo na šoli. Toda, ko Kyon na 18. december prispe v šolo, odkrije, da se je vse spremenilo. Haruhi in Koizumi Izuki sta izginila, Asakura Ryoko se je skrivnostno vrnila, Asahina Mikuru ga ne prepozna in Nagato Yuki je le običajno dekle. Samo Kyon se zaveda, da je vse drugače, saj se nihče ne spominja Haruhi ali SOS brigade. Edina sled do prave realnosti je knjižni znak, ki ga je zapustila nezemljanska različica Yuki, preden se je vse spremenilo. Na njem piše, naj odkrije "ključ" do programa. Med iskanjem sledi Kyon spoznava novo Yuki, ki se precej naveže nanj.