14-letni Ikari Shinji je poslan k svojemu očetu s prav posebno nalogo. Medtem ko se potika po tujem mestu, ki je opustošeno in zapuščeno zaradi opozorila pred nevarnostjo, se znajde v navzkrižnem ognju med oboroženo enoto ZN-a in četrtim Angelom. Reši ga polkovnica Katsuragi Misato, ki ga odpelje v glavni štab NERV-a, kjer ga oče Gendo, vrhovni poveljnik, prisili, da stopi v čevlje pilota Evangeliona Enote 01 za boj proti Angelom, saj je druga pilotka, Ayanami Rei, poškodovana. Po začetni bitki Shinjija pod streho vzame Misato, hkrati pa se mladenič vpiše v tamkajšnjo srednjo šolo. Prvi film prikazuje Shinjijevo prilagajanje na življenje pilota ogromnega uničevalnega stroja Evangeliona, ob strani pa mu stojita Misato, Rei in njegova vest, ki kliče po pohvali očeta.